This is a combined setlist for all the tours that Shakira ever had. You can see which songs she performed on tour and how often.

The following songs are the most performed ones (performed in at least in 4 tours):
Ciega Sordomuda
Estoy Aqui
Inevitable
Ojos Asi
Si Te Vas

1996-1997
Tour Pies Descalzos
2000
Tour Anfibio
2002-2003
Tour of the Mongoose/Tour De La Mangosta
2006-2007
Tour Fijación Oral/Oral Fixation Tour
2010-2011
Tour Sale El Sol/The Sun Comes Out
Alfonsina y El Mar
Animal City
Años Luz
Antes De Las Seis

Antología

Back in Black

Ciega Sordomuda

Despedida

Día De Enero

Dónde Están Los Ladrones

Dónde Estás Corazón

Don’t Bother

Dude Looks Like a Lady

El Nay A’atini Nay

Estoy Aquí

Fool

Gitana

Gordita

Gypsy

Hey You

Hips Don’t Lie

Inevitable

Je L’Aime A Mourir

La Pared (Acoustic)

La Tortura

Las de la Intuición

Loba

Loca (English)

Loca (Spanish)

Magia

Moscas En La Casa

No

No Creo

Nothing Else Matters

Objection

Obtener Un Sí

Octavo Día

Ojos Así

Pienso En Ti

Pies Descalzos, Sueños Blancos

Poem to a Horse

Ready for the Good Times

Rules

Sale el Sol

Se Quiere, Se Mata

She Wolf

Si Te Vas

Sombra De Ti

Suerte

Te Aviso, Te Anuncio

Te Dejo Madrid

Te Espero Sentada

Te Necesito

The One

Un Poco De Amor

Underneath Your Clothes

Vuelve

Waka Waka (Esto es Africa)

Waka Waka (This Time for Africa)

Whenever, Wherever

Why Wait